在劳教期间，由于环境条件恶劣，身体极度消瘦，出现了严重心脑疾病，经家属多方求救，花了上万元的现金，被非法关押4个半月后，在2001年农历新年前几天才保外就医回家。

回家后，向阳派出所、居委会、610、公安不法人员一直不断骚扰。2002年6月向阳居委会四人非法闯入家中强行拿走放在收音机内的炼功带。向阳派出所所长夏永斌和610人员经常上门骚扰。由于长期身心伤害，身体虚弱，经常被迫流离在外，住亲戚家。

2003年6月25日，向阳街道居委会主任关心，到家中骚扰，没给开门，灰溜溜的走了。高玉琴老伴以为走了就立即下楼，到楼下就被关心叫住去居委会一趟，街道书记找你。高玉琴老伴不知情，跟着去了居委会。因高玉琴老伴身体多病，已多年病退不能上班，患有脑瘤、心肝脾都有病，上楼非常困难，气喘虚虚，上气不接下气。恶党书记见后威胁说：我这有一份写好的不炼功的决裂书，你把我划线的几句照写一遍，就放你回家，不写就叫高玉琴来写，高玉琴不来写就另有处理。高玉琴老伴一听，吓坏了，被迫照写了所谓的决裂书。

2004年1月，高玉琴与大法弟子去沙河子发真相资料，被70多岁老头举报，被610恶警10多人抬上警车，劫持到龙潭派出所，非法关押在铁龙子里3天，家属拿来几千元钱，才放人回家。

由于长期处于恶劣环境，多次被恶警绑架、抄家，恶警、610、居委会经常上门或打电话威胁，高玉琴身体和精神严重受到摧残，肾病复发，2006年1月吃什么都吐，于2006年3月19日去世。