一九九九年七月二十日，中共党魁江泽民一意孤行开始了对法轮功的迫害，实施“名誉上搞垮，经济上截断，肉体上消灭”的灭绝政策。同年十二月，杨凤莲去北京上访为法轮功讨说法，在天安门广场被警察非法抓捕，当时警察连踢带打，把她的脑袋打昏了，上车后才苏醒过来，后被分流在常山劳教所。杨凤莲说了地址后，被鸡东县公安局警察劫持回当地。鸡东镇平阳乡副乡长和秘书来家中勒索现金三千三百元，被鸡东县公安局勒索现金二千元。

二零一一年八月间，杨凤莲发真相资料时，被恶人诬告，遭鸡东县公安局警察绑架，关进鸡东看守所。为抵制迫害，杨凤莲绝食抗议。看守所指使一个朝鲜族的女犯给注射了不明药物。很快被打针的地方开始起大包，有八九公分那么大。后来就开始溃烂。

杨凤莲被迫害得不省人事，已经无法行走了才通知家人去接，只说器官衰竭。她儿子去接时看见她妈妈躺在地上不能动，心里痛苦至极。他儿子打车将杨凤莲送到鸡西矿总院，矿总院的医生看到这么严重的病患没收留。又转到鸡西卫校，被诊断脑淤血，住了二十天也没治好。那些医护人员又说杨凤莲是抑郁症让转院，再转到鸡西市城子河区的一个精神病院，到医院后就将其四肢绑在床上。丈夫说她没有精神病史，看到妻子承受折磨，住了两天就出院了。总共花去两万多元钱，也没治好。因没钱医治也没再转院。

回家后，杨凤莲连饭也吃不下去，走路非常困难，身体溃烂的地方一直流水，其它部位还有包块，被折磨得痛苦不堪。在精神和肉体的双重迫害中，三年后的二零一四年十二月二十四杨凤莲含冤离世。