然而，1999年7月以后，中共江氏流氓邪恶集团疯狂的血腥迫害法轮功。2000年3月，薛树义和妻子王玉兰依法进京上访，给法轮功讨公道，在天安门广场被非法抓捕，劫持到驻京办事处，被九台市公安局非法抓回来，拘留15天回家。

大女儿薛晗也去了北京证实法，在天安门广场被绑架，回来被非法拘留15天回家。

2000年6月，九台公安局和610邪恶机构的人员到家骚扰，让写无理的所谓「保证」，薛树义不写，就被强行带走，非法拘留后判1年劳教。在饮马河劳教所，薛树义拒不「转化」，受到非人折磨，罚站、奴役、干活。10月份时，母亲由于看见儿子被抓的场面，受惊吓，心脏病加重，十月份病危。在家属担保下，回家看望母亲一眼，当天就回劳教所了。这一别成了和母亲的永别，年末母亲去世了。

薛树义由于长期迫害，不能正常吃饭、睡觉，还得每天十几小时的奴役干活，身体出现肺结核症状，在2001年3月，接回家时已不能说话，卧床不起，于2002年3月18日含冤离世。