一九九九年七月二十日中共迫害法轮大法后，他受到威胁、恐吓，被逼迫交大法书籍，写不修炼保证书。二零零二年三月他被临江市国保大队长耿立东非法劳教两年半，在长春朝阳沟劳教所遭受迫害。

长春朝阳沟劳教所从二零零二年开始，以所长王延伟，副所长王建刚为首的邪恶人员疯狂迫害法轮功学员。王树钦被带到劳教所卫生所打破坏神经、大脑毒剂。在劳教所，他碰到过临江法轮功学员徐东成，告诉徐东成自己天天被带到卫生所打毒针。徐东成说，不能配合，不让打。王树钦说自己没办法。

不久，王树钦记忆力丧失，双目几乎失明，成痴呆，生活不能自理。在此种情况下，劳教所二大队队长杨光以帮助保外就医名义向家属索要两千元钱后，在二零零四年中国新年前接回家中。老伴孟兆美原本患有精神病，照顾他十一年。二零一五年二月三日孟兆美突发脑出血卧床瘫痪。

长子王明之是一个残疾人，坚持修炼法轮大法，多次被非法劳教共四年零五个月，在白山市劳教所和朝阳沟劳教所受到残酷的迫害，在长春市朝阳沟劳教所被迫害成开放性肺结核，在身体虚弱的情况下照顾两位瘫痪老人，由于体力透支，于二零一六年五月二十日去世，年仅四十四岁。

次子王伟之因修大法，被非法监禁七年三个月迫害的三次出现生命危险，身体不好，接替哥哥照顾瘫痪的父母，不久腰疼得起不了床，出现“腰脱”，无奈将母亲送到养老院。

王树钦在生命最后几年身体进一步恶化，大小便失禁，神智不清，大喊大叫，于二零一七年二月十日含冤离世。